La prima parrocchia di Rocca di Papa,  con la costruzione della ‘Chiesa del Crocifisso’ composta da  668 abitanti fu eretta probabilmente sotto il Pontificato di Urbano VIII (1623-1644), siccome l’Altare in marmo tuttora esistente nella chiesa del Crocifisso reca sul davanti, il simbolo delle ‘Api’.

Le due campane hanno scolpita la data, rispettivamente, del 1634 e 1672.  E i primi Atti parrocchiali rimontano agli ultimi anni del 1500.

Come testimonia documenti dell’Archivio parrocchiale di Rocca di Papa, la chiesa era di modeste proporzioni – oltre all’Altare maggiore, aveva a destra, due Cappelle dedicate a San Carlo e alla Madonna del Gonfalone e a sinistra, la nicchia del Fonte Battesimale e la Cappella del Rosario.

Dai primi anni del XVII secolo, si conservavano nella Chiesa del Crocifisso le seguenti principali opere:

• ‘Madonna col Bambino’, dipinti su tavola, della Scuola Senese (VIV) con due sportelli riproducenti le due figure dell’Annunciazione
• ‘Il Redentore’ di Perin del Vaga, della scuola di Raffaello, con due sportelli sui quali erano dipinti i quattro Evangelisti
• Una tela con la Madonna del Rosario con i 15 misteri
• Un quadro di ‘San Carlo Borromeo’ di un pittore fiorentino
• Un ciborio di marmo, finemente lavorato da uno scultore romano nel 1517
• Una vasca Battesimale marmorea del XV secolo

Col passare degli anni la popolazione aumentò a Rocca di Papa e la Chiesa del Crocifisso fu molto piccola.  Nel 1745 fu costruita la nuova e più grande Chiesa della Assunta dove vennero anche trasferiti i servizi parrocchiali unitamente alle principali opere lì esistenti.

L’Arciprete Girolamo Sciamplicotti con le oblazioni dei fedeli iniziò i lavori di restauro della Chiesa del Crocifisso molto danneggiata dalle intemperie e quasi cadente.  Egli però morì nel 1861 senza poter condurre a termine i lavori che furono poi completati con l’aiuto finanziario dello scultore tedesco Teodoro Guglielmo Achtermann nel 1865.

Achtermann adornò la Chiesa con le opere dei ‘Gessi’ che ancora oggi si ammirano:

• ‘Madonna col Bambino’ in braccio di grandezza naturale
• Una mezza figura di ‘Ecce Homo’ di grandezza naturale
• Un modellino del Gruppo della Pietà
• Due rilievi – uno con la scena della Crocifissione, l’altro con il Cristo deposto

Nel 1871, Achtermann fabbricò anche la casa per il Cappellano, comprendendone la parte frontale con pezzi ben squadrati di tufo.  Inoltre aveva dotato la chiesa con un artistico crocifisso di gesso, di dimensione naturale.  Sia la casa annessa alla chiesa che il crocifisso andarono perduti con le funeste incursioni aeree.

• nel 1880 a cura di Achtermann e del Sacerdote romano Giuseppe Lauri Calocci, fu rinnovata la facciata della Chiesina con la porta a timpano
• Nel 1886 si fecero i lavori di restauro con le oblazioni dei fedeli e con l’interessamento di Michele Stefano De Rossi.

Dopo le distruzioni dei bombardamenti aerei del 1944 e dopo la successiva ricostruzione, la Chiesa del Crocifisso e la Casa annessa erano proprietà di Mons. Giovanni Battista Proia, Direttore Spirituale del Seminario Romano minore.