Nel 17° secolo, a seguito di un crescente sviluppo demografico ed edilizio, la prima chiesa parrocchiale del Crocifisso divenne angusta ed anche non facilmente accessibile ai fedeli che ormai abitavano nella parte bassa del paese.  Si sentì l’esigenza di una nuova chiesa parrocchiale adeguata ai bisogni della popolazione e dei villeggianti che affluivano durante il caldo estivo.

La proposta trovò incoraggiamento a favore presso il Cardinale Girolamo Colonna, Vescovo di Frascati e Duca di Marino, che aveva già provveduto alla costruzione della Chiesa di S. Barnaba nella città di Marino. Lo progetto dello stesso Architetto che ha ideato la chiesa di San Barnaba a Marino fu prescelto per la chiesa di Rocca di Papa.  La prima pietra fu posa il 3 maggio 1664 dopo quando sull’invito dell’allora parroco Rev. Domenico Cacciafumo, i fedeli si offrirono una giornata lavorativa per opere di escavazione e per il trasporto di rifiuto allo scarico. Nel 1666 con la morte del Cardinale Colonna, “finanziatore dei lavori”, si sospese la costruzione.  I lavori furono fermi per ben 65 anni.  Quando Cardinale Lorenzo Corsini, vescovo di Frascati venne eletto papa nel 1730 con il nome di Clemente XII, auspicò e incoraggiò la ripresa dei lavori della chiesa di Rocca di Papa erogando anche l’offerta di 1000 scudi.

La ripresa dei lavori venne affidata dapprima all’Arch. Pietro Passalacqua e poi all’Arch. Domenico Gregorini, capomastri Pietro Strambini e Giacomo Ingani.  La chiesa fu consacrata nel 1754 dal Cardinale Giovanni Antonio Guadagni, vescovo di Frascati.

La chiesa aveva una forma alquanto ovale e, oltre all’altare maggiore, sotto l’Abside era situata la grande e bella tela dell’Assunta, che Corrado Giaquinto di Molfetta aveva dipinto nel periodo della sua piena maturità artistica.  Il quadro era stato donato alla Parrocchia di Rocca di Papa, intitolata all’Assunta. Nelle Cappelle laterali erano collocati quadri che già erano stati in onore nella primitiva Parrocchia del Crocifisso, con l’aggiunta del quadro di S. Vincenzo Ferreri, dipinto da Lorenzo Masucci nel 1747 e collocato nella 1a Cappella di destra.

Il 16 agosto del 1806 alle ore 13,30 Rocca di Papa fu scossa da un violentissimo terremoto.  Oltre molte case distrutte anche la chiesa subì gravi lesioni nei muri perimetrali,  I danni prodotti dal sisma vennero riparati con diligente immediatezza, ma dopo otto anni delle scosse nei primi di ottobre del 1814 riapparvero le lesioni, i muri cedettero e il 12 ottobre, alle 22,00 dopo 60 anni dalla sua inaugurazione avvenne il crollo del Sacro Edificio.  Rimasero in piedi solo le Cappelle di sotto, metà del Cappellone, la facciata e il campanile.  Andarono perduti anche un quadro della Madonna del Rosario con i 15 ovali raffiguranti i misteri, gli Sportelli della Madonna degli Angeli con le due figure dell’Annunciazione, un quadro di San Carlo Borromeo dipinto da un pittore fiorentino e le 14 Stazioni della via crucis, dipinte nel 1736 dal pittore Roccheggiano Flaminio Santovetti.

Con il contributo di Papa Pio VII e del Cardinale Bartolomeo Pacca Vescovo di Frascati si procedette immediatamente alla ricostruzione, sotto la guida dell’Architetto Domenico Palmucci.

I lavori di restaurazione della chiesa erano completati nel 1845 e la chiesa venne inaugurata ufficialmente dal Vescovo Tuscolano Cardinale Mario Mattei.  Nel largo del transetto vi sono finte nicchie con i Profeti Daniele, Ezechiele, Isaia e Geremia, dipinti da Alessandro Mantovani e restaurati poi da Arnaldo Mecozzi nel 1907.